먼치킨과 같은 자연돌연변이로 품종이 생겨난 품종은 돌연변이 종을 고착시켜 품종화 한것이기 때문에, 사전지식 없이 함부로 다른 품종과 교배하면 유전적질병이 생길 가능성이 높아 먼치킨과 다른 품종간의 크로스 교배하시는 것은 위험합니다.
짧은 다리와 긴 허리 개인 닥스훈트의 경우 척추디스크의 위험이 있는데 먼치킨의 경우도 이러한 척추질병을 조심하셔야합니다. 살이 과도하게 찔경우 척추에 무리가 가기 때문에 너무 많은 음식을 주시는 것은 좋지 않습니다.